گاهی به حدود 1000 سال میان سقوط روم (476 میلادی) تا سقوط قسطنطنیه یا همان استانبول (1453 میلادی) قرون وسطی گفته می شود که 500 سال اوّل، دوران تاریک نیز نامیده می شود. قرون وسطی، دوران قدرت گرفتن و عقیده راسخ مردم  اروپا به مسیحیت بود. البته نیمه دوم قرون وسطی زمانی بود که علم نزد اندیشمندان ایرانی و عرب پیشرفت سریعی داشت. این پیشرفت تا حد زیادی مدیون ترجمه متون یونانی به عربی در این دوران بود. برگردیم به اروپا. با گسترش دنیای مسیحیت، مردم اروپا عقیده داشتند که روز جزا نزدیک است، و بیماری ها ناشی از مجازات و تنبیه خدا است. دعا و انجام امور خیر، برای درمان و پیشگیری از بیماری مهم تلقی می شد. پزشکی این دوران اغلب بر اساس عرفان و شهود بود و از انجام مشاهدات بالینی و درمان های عاقلانه خبری نبود. اگرچه در آن فضا انجام پزشکی علمی منع شده بود و سحر و خرافات در همه جا رایج بود، در این فضا هم به تدریج برخی از پزشکان دارای رویکرد علمی مانند الکساندر ترالسی (Alexande of Tralles) پرورش یافتند. 

در دنیای مسلمانان نیز رویکرد مذهبی رایج بود، امّا وضعیت بیمارستان ها و بهداشت مردم خیلی از غرب بهتر بود، به تدریج پزشکی در ایران و دنیای اسلام بسیار از اروپا پیشی گرفت و پزشکان بزرگی چون زکریای رازی پا به عرصه حیات گذاشتند. زکریای رازی بیش از 200 کتاب در علم پزشکی نوشت. ابن سینا، باعث پیشرفت دانش پزشکی در آن دوره شد. پزشکان غربی، اهمیت ابن سینا را هم تراز با جالینوس می دانند. کندی رساله ای با عنوان «ماهیة النوم و الرّویا» دارد. وی در این رساله خواب را چنین تعریف می کند: «خواب، ترک استعمال تمامی حواس به وسیله نفس است.» کندی رؤیا را چنین تعریف می کند: «رؤیا کاربرد فکر به وسیله نفس و قطع کاربرد حواس است». دانشمندان اسلامی معمولا رؤیاها را تقسیم بندی می کنند (مثلاً به رؤیای صادقه، اضغاث احلام، رؤیای شیطانی، و رؤیای رمزی)  و این تقسیم بندی در آثار نویسندگان مختلف تکرار شده است. مثلا فارابی رؤیا را یکی از آثار قوه متخیله می داند. از نظر ابن سینا نفس آدمی در هنگام خواب فرصت می یابد از خیالات جاری و اشتغالات روزمره رها شود؛ به عالم قدس صعود کند، و به عالم غیب متصل شود. ابومحمد غزالی رؤیا را جزئی از نبوت می داند. از نظر ابن عربی خواب حالتی است که عارض جانداران می شود و بر اثر ان از احساسات و حرکات ارادی باز می مانند. ولی بسیاری از دانشمندان اسلامی معتقدند در هنگام خواب، حواس باطنی از کار نمی افتد. ابن عربی می گوید خواب دارای دو بخش است : اوّل بخش انتقال. بخش انتقال همراه با رؤیا است، و دوم بخش آسایش یا خواب ناب. از نظر ملاصدرا روح به سبب عروق و رگ ها به باطن بدن رسیده و به دلیل کثرت حرکات و طلب استراحت اعضای بدن، در باطن اثر می گذارد و در این هنگام خواب بر فرد غلبه می کند. کمی بعد (قرن 12 میلادی)، فردی عرب و یهودی به نام موسی بن میمون دیدگاه های پزشکی بقراط، جالینوس و ابن سینا را با هم ترکیب کرد. موسی بن میمون مطالبی در مورد این که یک فرد چقدر باید بخوابد نوشته است: «شبانه روز 24 ساعت است و برای فرد کافی است تا یک سوم آن (یعنی 8 ساعت) را بخوابد. فرد باید خوابش را در اواخر شب شروع کند به طوری که وقتی با طلوع آفتاب بیدار می شود، 8 ساعت خوابیده باشد.» در مورد دانشمندان ایرانی و عرب بحث فراوان است، و فرصت دیگری را می طلبد.

در حدود سال 1000 میلادی یعنی پایان دوران تاریک، با رشد دانشگاه ها، پزشکی رهبانی رو به زوال گذاشت. در این دوره راه های درمان عبارت بودند از رژیم  غذایی مناسب و گیاهان دارویی که البته مهم ترین درمان گیاهی هم درمان با تریاک بود. تریاک برای درمان انواع اختلالات خواب مورد استفاده قرار می گرفت. البته همچنان درمان های خرافی مانند جن گیری، تنجیم و ... مورد استفاده قرار می گرفت. در قرون 15 و 16 آثار بقراط مورد تجدید نظر قرار گرفت. پاراسلسوس (Paracelsus) که پدر داروشناسی نیز خوانده می شود، شروع به استفاده از فلزات در داروها کرد و چندین درمان مهم را برای بیماری هایی ابداع کرد که گاهی موجب اختلالات خواب می شوند.